Das Flugzeug hat fast keinen Kraftstoff mehr, als es die Inselgruppe erreicht, doch die Entführer ignorieren weiterhin die Warnungen des Kapitäns. Nach dreieinhalb Stunden Flugzeit geht dem ersten Triebwerk der Treibstoff aus. Erkennend, dass man ihre Instruktionen nicht befolgt hat, bedrohen sie den Piloten massiv. Anschließend macht der Kapitän seine erste von nur zwei Mitteilungen an die Passagiere. Er informiert sie über den Treibstoffmangel und über den Ausfall des ersten Triebwerks. Außerdem weist er sie an, ruhig zu bleiben, sich auf eine Notlandung vorzubereiten und die Schwimmwesten anzulegen, sie jedoch noch nicht aufzublasen. Die Reaktion in der Kabine reicht von ruhig bis panisch. Trotz der Mahnung des Piloten hört man überall im Flugzeug sich aufblasende Westen, was vermutlich die Anzahl der Opfer noch erhöht hat, da sich die Betreffenden später wahrscheinlich schlechter aus der Maschine befreien konnten. Das Flugzeug verliert weiter kontinuierlich an Höhe und beginnt zu schwanken. Einige Passagiere versuchen einen Angriff auf die Entführer, doch der Rest verhindert dies. Kurz nach der ersten folgt die zweite und letzte Mitteilung aus dem Cockpit: Der Pilot ordnet an, die Sicherheitspositionen einzunehmen und sich auf eine harte Landung vorzubereiten. Erneut reichen die Reaktionen von ruhig bis panisch und erneut fordern einige, den Angriff jetzt zu starten. Die vorherrschende Meinung ist aber immer noch, dass eine solche Aktion den Tod aller bedeuten könnte. Der Kapitän meldet sich ab, indem er erklärt, dass die Entführer verantwortlich sind und deutet an, dass, wenn sie überleben, sie von den Passagieren identifiziert werden müssen.
Kurz danach geht der 767 das Kerosin komplett aus, und sie muss in den Gleitflug übergehen. In der Kabine wird es dunkel und still. Die Besatzung benutzt eine Ram Air Turbine, um wenigstens die unverzichtbaren Funktionen des Flugzeugs (vor allem die Steuerung) beizubehalten. In dieser Betriebsart funktionieren jedoch manche hydraulischen Systeme, z. B. die Landeklappen nicht, was dazu führt, dass der Pilot die Maschine mit mehr als 320 km/h landen muss (normal: 240-290 km/h).
Der Pilot versucht die Boeing 767 auf dem Flughafen von Grande Comore notzulanden, doch ein Kampf mit den Entführern in der letzten Minute vor dem Aufschlag verursacht, dass er die Orientierung verliert und den Flughafen nicht mehr ausmachen kann. Er setzt die Maschine 500 m vor dem Le Galawa Beach, nahe der Hauptstadt Moroni, aufs Meer. Das linke Triebwerk und die linke Flügelspitze streifen das Wasser zuerst, was dazu führt, dass die Maschine im Wasser auseinander bricht. Anwohner und Touristen, einschließlich einer Gruppe von Tauchern und einigen französischen Ärzten, eilen herbei und leisten den Überlebenden des Unfalls Erste Hilfe.
Der Aufschlag und das darauffolgende Auseinanderbrechen des Flugzeugs fordern das Leben von 125 der 175 Menschen an Bord. Auch die drei Entführer sterben, doch der Kapitän des Fluges Leul Abate und der Kopilot Yonas Merkuria überleben beide.
Der Grund für den seitlichen Aufprall (das linke Triebwerk und die linke Flügelspitze berührten das Wasser zuerst) und das Zerbrechen der Maschine ist auch der vorangegangene Kampf, der in der letzten Minute im Cockpit stattfindet. Im Allgemeinen werden Piloten darauf trainiert, bei einer Notwasserung unter "normalen" Bedingungen das Flugzeug gerade, mit einem leichten Steigungswinkel (~10°) und eingefahrenem Fahrwerk auf dem Wasser aufzusetzen.
Hätte der Pilot es geschafft, den Flughafen von Grande Comore anzufliegen, hätte dies noch nicht bedeutet, dass er die Maschine sicher hätte landen können. Während des ganzen Flugs verhinderten die Entführer, dass der Pilot per Funk mit Bodenpersonal sprach. Somit konnte er sein Flugzeug nicht am Flughafen ankündigen und um die Erlaubnis zur Notlandung bitten, was bedeutete, dass sich eventuell noch ein anderes Flugzeug auf der Landebahn hätte befinden können.
